Το Μοναστήρι καταστράφηκε ολοσχερώς, από τις ναζιστικές-κατοχικές δυνάμεις, τη Δευτέρα του Πάσχα 1944. Τα κελιά της Μονής Αντινίτσης, του 15^ου αιώνα, ανατινάχτηκαν με δυναμίτιδα και πυρπολήθηκαν, ενώ ταυτόχρονα ανατίναξαν το παρακείμενο Σανατόριο και εκτέλεσαν τους νοσηλευόμενους φυματικούς. Από την καταστροφή διέφυγε μόνο η θαυματουργός εικόνα της Παναγίας. Ο Αρχιμανδρίτης Σωφρόνιος, Ηγούμενος της Ιεράς Μονής Αντινίτσας, πέθανε στις 17 Απριλίου 1944, μετά την ανατίναξη της Μονής, από την οποία μόλις είχε σωθεί. Το καθολικό της Μονής, που καταστράφηκε, ήταν χάρμα οφθαλμών όπως υποστηρίζεται από τους μελετητές